中国科技开发院是由国家科委（国家科技部）、广东省人民政府和深圳市人民政府共同创办，于1991年8月经国家批准成立的科技开发机构。首任院长为李绪鄂同志（时任国家科委常务副主任）。1998年11月按属地管理原则，成为深圳市政府主管的实行企业化管理的局级事业单位，由深圳市政府郭荣俊副市长出任院长。中国科技开发院总部设在深圳市高新技术产业园区，享受国家高新技术开发区的各项优惠政策；享有国家外经贸部授予的进出口经营权。

该院与有关省、市政府合作设立分院（办事处）和创业中心。现已设立十二个分院（基地）：珠海分院、中山分院、佛山分院、威海分院、芜湖分院、浙江分院、广西分院、江苏分院、云南分院、西南船舶工程分院和苏州基地、北京办事处；两个创业中心：海南省科技创业中心、广东新会科技创业中心。
该院与国家有关部、委合作设立或独立承办专业开发所（开发中心）。现已建立八个专业开发所：计算机与人工智能开发所、生物工程开发所、软件工程开发所、医药科技开发所、中医中药开发所、化工开发所、环保技术开发所、自动化技术开发所；两个专业开发中心：地效飞行器开发中心、建筑幕墙测试中心。
该院院部和各分支机构以全资、控股、合资等方式兴办了中国联合生物技术公司、深圳市佳德高新科技开发有限公司、深圳市中科贸实业发展有限公司、广州天象地效飞行器开发股份有限公司等四十余家高新技术企业，从事涉及电子、计算机、生物工程、基因工程药物、精细化工、机电一体化、新材料、交通、能源等领域高新技术成果的商品化、产业化和国际化的开发业务